Tuna_Scrape

Report summary ▲

Isolates Author Date Host Folder
23 tseemann Mon Sep 10 17:33:05 2018 526080-s598783.unimelb.edu.au /home/tseemann/git/snippy/Tuna_Scrape/nullarbor
Download: ⬇jobinfo.csv

Sequence data ▲

Legend: ✔ ≥50x ? ≥25x ✘ <25x
Isolate Reads Yield GeeCee MinLen AvgLen MaxLen ModeLen Phred AvgQual Depth Quality
CFSAN000952 1900502 286975802 52.9 151 151 151 151 33 28.2 58 ✔
CFSAN000211 2472012 373273812 50.4 151 151 151 151 33 32.0 76 ✔
CFSAN000968 2028526 306307426 51.5 151 151 151 151 33 29.7 62 ✔
CFSAN001112 1510070 223192700 53.0 35 147 151 151 33 31.8 45 ?
CFSAN000752 1613100 243578100 51.1 151 151 151 151 33 31.3 49 ?
CFSAN000963 1986422 299949722 50.6 151 151 151 151 33 30.2 61 ✔
CFSAN001115 1589670 234114048 53.2 35 147 151 151 33 31.6 47 ?
CFSAN000954 1533318 231531018 52.6 151 151 151 151 33 28.2 47 ?
CFSAN000970 2149054 324507154 51.0 151 151 151 151 33 30.2 66 ✔
CFSAN000961 1944996 293694396 49.9 151 151 151 151 33 30.6 60 ✔
CFSAN000669 1798742 271610042 48.3 151 151 151 151 33 32.4 55 ✔
CFSAN000960 2693314 406690414 49.6 151 151 151 151 33 31.5 83 ✔
CFSAN001140 1068816 157627612 52.9 35 147 151 151 33 31.8 32 ?
CFSAN000661 1086774 164102874 51.2 151 151 151 151 33 31.9 33 ?
CFSAN000189 3665520 538547504 49.1 135 146 151 151 33 32.3 110 ✔
CFSAN000212 1116748 168628948 50.7 151 151 151 151 33 29.6 34 ?
CFSAN000951 2167418 327280118 52.5 151 151 151 151 33 28.2 66 ✔
CFSAN000191 2052236 293469748 49.0 135 143 151 151 33 33.5 60 ✔
CFSAN001118 1055848 156000507 53.2 35 147 151 151 33 31.4 31 ?
CFSAN000700 1220282 184262582 50.6 151 151 151 151 33 31.6 37 ?
CFSAN000753 1836708 277342908 50.1 151 151 151 151 33 31.9 56 ✔
CFSAN000958 1705132 257474932 51.3 151 151 151 151 33 30.7 52 ✔
CFSAN000228 2563240 387049240 49.4 151 151 151 151 33 30.7 79 ✔
Download: ⬇seqdata.csv

Species identification ▲

Legend: ✔ ≥80% ? ≥65% ✘ <65%
Isolate #1 Match % #2 Match % #3 Match % #4 Match % Quality
CFSAN000952 Salmonella enterica 89.68 unclassified 5.65 Staphylococcus aureus 0.08 Salmonella bongori 0.01 ✔
CFSAN000211 Salmonella enterica 95.48 unclassified 1.55 Salmonella bongori 0.01 Escherichia coli 0.01 ✔
CFSAN000968 Salmonella enterica 91.09 unclassified 2.63 Escherichia coli 0.41 Klebsiella pneumoniae 0.01 ✔
CFSAN001112 Salmonella enterica 88.15 unclassified 7.89 Escherichia coli 0.01 Klebsiella pneumoniae 0.01 ✔
CFSAN000752 Salmonella enterica 92.62 unclassified 1.53 Escherichia coli 0.71 Klebsiella pneumoniae 0.01 ✔
CFSAN000963 Salmonella enterica 93.88 unclassified 2.41 Escherichia coli 0.01 Klebsiella pneumoniae 0.01 ✔
CFSAN001115 Salmonella enterica 87.55 unclassified 8.12 Escherichia coli 0.01 Klebsiella pneumoniae 0.01 ✔
CFSAN000954 Salmonella enterica 90.08 unclassified 5.75 Staphylococcus aureus 0.04 Salmonella bongori 0.01 ✔
CFSAN000970 Salmonella enterica 93.65 unclassified 2.58 Salmonella bongori 0.01 Escherichia coli 0.01 ✔
CFSAN000961 Salmonella enterica 94.04 unclassified 2.31 Escherichia coli 0.01 Salmonella bongori 0.00 ✔
CFSAN000669 Salmonella enterica 95.31 unclassified 0.96 Escherichia coli 0.01 Klebsiella pneumoniae 0.01 ✔
CFSAN000960 Salmonella enterica 94.42 unclassified 1.83 Escherichia coli 0.01 Salmonella bongori 0.00 ✔
CFSAN001140 Salmonella enterica 88.10 unclassified 7.70 Escherichia coli 0.01 Salmonella bongori 0.00 ✔
CFSAN000661 Salmonella enterica 96.16 unclassified 1.06 Escherichia coli 0.01 Salmonella bongori 0.00 ✔
CFSAN000189 Salmonella enterica 94.90 unclassified 1.53 Salmonella bongori 0.01 Escherichia coli 0.01 ✔
CFSAN000212 Salmonella enterica 93.30 unclassified 3.36 Escherichia coli 0.01 Salmonella bongori 0.00 ✔
CFSAN000951 Salmonella enterica 89.54 unclassified 5.47 Staphylococcus aureus 0.09 Burkholderia dolosa 0.07 ✔
CFSAN000191 Salmonella enterica 95.74 unclassified 0.99 Escherichia coli 0.01 Klebsiella pneumoniae 0.01 ✔
CFSAN001118 Salmonella enterica 88.48 unclassified 7.18 Escherichia coli 0.01 Salmonella bongori 0.00 ✔
CFSAN000700 Salmonella enterica 95.65 unclassified 1.40 Escherichia coli 0.01 Klebsiella pneumoniae 0.01 ✔
CFSAN000753 Salmonella enterica 95.62 unclassified 1.26 Escherichia coli 0.01 Klebsiella pneumoniae 0.01 ✔
CFSAN000958 Salmonella enterica 94.55 unclassified 2.26 Escherichia coli 0.01 Klebsiella pneumoniae 0.01 ✔
CFSAN000228 Salmonella enterica 93.61 unclassified 2.36 Salmonella phage vB_SosS_Oslo 0.11 Enterobacter hormaechei 0.03 ✔
Download: ⬇identification.csv

MLST ▲

Isolate Scheme Sequence
Type 		Allele Allele Allele Allele Allele Allele Allele Quality
Reference senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000952 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000211 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000968 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN001112 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000752 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000963 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN001115 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000954 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000970 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000961 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000669 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000960 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN001140 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000661 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000189 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000212 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000951 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000191 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN001118 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000700 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000753 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000958 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
CFSAN000228 senterica 909 aroC(81) dnaN(283) hemD(101) hisD(12) purE(124) sucA(130) thrA(17) ✔
Download: ⬇mlst.csv

Resistome ▲

Legend: ✔ ≥95% coverage ? <95% coverage ✘ absent
Isolate Found
CFSAN000952 0
CFSAN000211 0
CFSAN000968 0
CFSAN001112 0
CFSAN000752 0
CFSAN000963 0
CFSAN001115 0
CFSAN000954 0
CFSAN000970 0
CFSAN000961 0
CFSAN000669 0
CFSAN000960 0
CFSAN001140 0
CFSAN000661 0
CFSAN000189 0
CFSAN000212 0
CFSAN000951 0
CFSAN000191 0
CFSAN001118 0
CFSAN000700 0
CFSAN000753 0
CFSAN000958 0
CFSAN000228 0
Download: ⬇resistome.csv

Virulome ▲

Legend: ✔ ≥95% coverage ? <95% coverage ✘ . absent
Isolate Found
avrA
cheA
cheD
cheW
cheY
csgA
csgB
csgC
csgD
csgE
csgF
csgG
entA
entB
entC
entE
entS
faeC
faeD
faeE
faeF
faeH
fepA
fepB
fepC
fepD
fepG
fimC
fimD
fimF
fimH
fimI
flgE
flgG
flgH
flhC
fliA
fliC
fliG
fliM
fliN
fliP
gmhA/lpcA
gogB
gtrA
gtrB
invA
invB
invC
invE
invF
invG
invH
invI
invJ
iroB
iroC
iroN
lpfA
lpfB
lpfC
lpfD
lpfE
manB
mgtB
mgtC
mig-14
misL
ompA
orgA
orgB
orgC
pipB
pipB2
prgH
prgI
prgJ
prgK
ratB
shdA
sicA
sicP
sifA
sifB
sinH
sipA/sspA
sipB/sspB
sipC/sspC
sipD
slrP
sopA
sopB/sigD
sopD
sopD2
sopE2
spaO
spaP
spaQ
spaR
spaS
spiC/ssaB
sptP
ssaC
ssaD
ssaE
ssaG
ssaH
ssaI
ssaJ
ssaK
ssaL
ssaM
ssaN
ssaO
ssaP
ssaQ
ssaR
ssaS
ssaT
ssaU
ssaV
sscA
sscB
sseA
sseB
sseC
sseD
sseE
sseF
sseG
sseJ
sseK1
sseK2
sseL
sspH2
steA
steB
steC
CFSAN000952 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000211 137 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000968 137 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN001112 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000752 137 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000963 137 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN001115 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000954 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000970 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ? . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000961 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ? . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000669 137 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000960 138 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN001140 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ? . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000661 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000189 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000212 137 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000951 137 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000191 137 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN001118 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ?
CFSAN000700 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000753 136 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000958 137 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
CFSAN000228 137 ✔ ? ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ✔ ? ✔ ? ✔ . ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ? ? ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
Download: ⬇virulome.csv

Assembly and annotation ▲

Legend: ✔ Typical ? μContigs=57 ∧ μbp=4753003 ✘ Contigs > 1.5μ ∨ bp ± 0.2μ
Isolate Contigs bp ok Ns gaps min avg max N50 CDS rRNA tRNA tmRNA Quality
CFSAN000189 29 4759947 4759947 0 0 518 164136 645633 313057 4432 4 68 1 ✔
CFSAN000191 36 4677857 4677857 0 0 521 129940 599325 262115 4339 1 66 1 ✔
CFSAN000211 28 4683342 4683342 0 0 532 167262 983314 394244 4341 5 68 1 ✔
CFSAN000212 50 4676549 4676549 0 0 523 93530 488747 149980 4340 2 66 1 ✔
CFSAN000228 33 4729402 4729402 0 0 532 143315 1031908 379311 4420 6 74 1 ✔
CFSAN000661 88 4753553 4753553 0 0 520 54017 368131 99782 4421 2 64 1 ✘
CFSAN000669 30 4760414 4760414 0 0 542 158680 983635 315146 4438 2 68 1 ✔
CFSAN000700 39 4758198 4758198 0 0 629 122005 492902 280216 4433 2 66 1 ✔
CFSAN000752 63 4856550 4856550 0 0 614 77088 367975 178157 4527 1 66 1 ✔
CFSAN000753 31 4761646 4761646 0 0 639 153601 636559 313037 4437 2 67 1 ✔
CFSAN000951 34 4759376 4759376 0 0 639 139981 645190 308380 4434 2 67 1 ✔
CFSAN000952 46 4759546 4759546 0 0 542 103468 548762 264140 4431 2 67 1 ✔
CFSAN000954 42 4757426 4757426 0 0 1030 113272 489434 188161 4434 1 62 1 ✔
CFSAN000958 41 4758898 4758898 0 0 1030 116070 893943 217914 4429 2 66 1 ✔
CFSAN000960 30 4760226 4760226 0 0 542 158674 645086 282671 4431 3 69 1 ✔
CFSAN000961 36 4760344 4760344 0 0 601 132231 720228 267141 4432 2 68 1 ✔
CFSAN000963 64 4758670 4758670 0 0 542 74354 254269 147281 4419 4 68 1 ✔
CFSAN000968 97 4846806 4846806 0 0 533 49967 334016 91069 4513 2 67 1 ✘
CFSAN000970 90 4755422 4755422 0 0 526 52838 280092 130774 4419 5 71 1 ✘
CFSAN001112 63 4755371 4755371 0 0 709 75482 314792 148297 4428 1 68 1 ✔
CFSAN001115 70 4755195 4755195 0 0 524 67931 492056 148578 4425 0 66 1 ✔
CFSAN001118 177 4728471 4728471 0 0 525 26714 197286 49383 4397 0 62 1 ✘
CFSAN001140 105 4745875 4745875 0 0 556 45198 246352 78919 4416 1 65 1 ✘
Download: ⬇assembly.csv

Reference genome ▲

Sequence Length Description
CP006053 4730612 CP006053 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Bareilly str. CFSAN000189, complete genome.
CP006054 78193 CP006054 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Bareilly str. CFSAN000189 plasmid unnamed, complete sequence.
TOTAL 4808805 Total reference size in bp
Download: ⬇reference.csv

Core genome ▲

Legend: ✔ ≥90% used ? ≥70% used ✘ <70% used
Isolate LENGTH ALIGNED UNALIGNED VARIANT HET MASKED LOWCOV %Used Quality
CFSAN000189 4808805 4750050 56530 5 39 0 2186 98.78 ✔
CFSAN000191 4808805 4658199 135349 90 1 0 15256 96.87 ✔
CFSAN000211 4808805 4671484 134466 93 4 0 2851 97.14 ✔
CFSAN000212 4808805 4631429 134931 93 0 0 42445 96.31 ✔
CFSAN000228 4808805 4669753 134667 81 56 0 4329 97.11 ✔
CFSAN000661 4808805 4657639 57400 21 14 0 93752 96.86 ✔
CFSAN000669 4808805 4741083 56537 21 0 0 11185 98.59 ✔
CFSAN000700 4808805 4721586 56788 22 14 0 30417 98.19 ✔
CFSAN000752 4808805 4699736 57133 21 30 0 51906 97.73 ✔
CFSAN000753 4808805 4746087 56538 22 15 0 6165 98.70 ✔
CFSAN000951 4808805 4738675 56544 21 32 0 13554 98.54 ✔
CFSAN000952 4808805 4720038 56567 21 14 0 32186 98.15 ✔
CFSAN000954 4808805 4735696 56793 22 14 0 16302 98.48 ✔
CFSAN000958 4808805 4728633 56669 21 0 0 23503 98.33 ✔
CFSAN000960 4808805 4738845 56361 22 1 0 13598 98.55 ✔
CFSAN000961 4808805 4731770 56452 21 14 0 20569 98.40 ✔
CFSAN000963 4808805 4703665 57010 21 14 0 48116 97.81 ✔
CFSAN000968 4808805 4681916 57324 21 25 0 69540 97.36 ✔
CFSAN000970 4808805 4682726 57105 21 0 0 68974 97.38 ✔
CFSAN001112 4808805 4713474 57032 21 20 0 38279 98.02 ✔
CFSAN001115 4808805 4714501 56671 21 15 0 37618 98.04 ✔
CFSAN001118 4808805 4594891 58206 21 0 0 155708 95.55 ✔
CFSAN001140 4808805 4649002 57378 19 0 0 102425 96.68 ✔
Reference 4808805 4808805 0 0 0 0 0 100.00 ✔
Download: ⬇core.csv

Core SNP Phylogeny ▲

23 taxa, 138 SNPs
Download: ⬇core.newick

Pairwise core SNP distances ▲

CFSAN000189
CFSAN000191
CFSAN000211
CFSAN000212
CFSAN000228
CFSAN000661
CFSAN000669
CFSAN000700
CFSAN000752
CFSAN000753
CFSAN000951
CFSAN000952
CFSAN000954
CFSAN000958
CFSAN000960
CFSAN000961
CFSAN000963
CFSAN000968
CFSAN000970
CFSAN001112
CFSAN001115
CFSAN001118
CFSAN001140
Reference
CFSAN000189 0 80 82 83 71 15 15 16 15 15 15 15 16 15 16 15 15 15 15 15 15 15 14 5
CFSAN000191 80 0 54 55 27 89 89 90 89 89 89 89 90 89 90 89 89 89 89 89 89 89 88 85
CFSAN000211 82 54 0 1 45 91 91 92 91 91 91 91 92 91 92 91 91 91 91 91 91 91 90 87
CFSAN000212 83 55 1 0 46 92 92 93 92 92 92 92 93 92 93 92 92 92 92 92 92 92 91 88
CFSAN000228 71 27 45 46 0 80 80 81 80 80 80 80 81 80 81 80 80 80 80 80 80 80 79 76
CFSAN000661 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN000669 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN000700 16 90 92 93 81 1 1 0 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 21
CFSAN000752 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN000753 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN000951 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN000952 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN000954 16 90 92 93 81 1 1 2 1 1 1 1 0 1 2 1 1 1 1 1 1 1 2 21
CFSAN000958 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN000960 16 90 92 93 81 1 1 2 1 1 1 1 2 1 0 1 1 1 1 1 1 1 2 21
CFSAN000961 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN000963 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN000968 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN000970 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN001112 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN001115 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN001118 15 89 91 92 80 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 20
CFSAN001140 14 88 90 91 79 1 1 2 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 0 19
Reference 5 85 87 88 76 20 20 21 20 20 20 20 21 20 21 20 20 20 20 20 20 20 19 0
Download: ⬇snpdist.csv

Core SNP density ▲

Pan genome ▲

CFSAN000189 4475 CFSAN000191 4380 CFSAN000211 4384 CFSAN000212 4381 CFSAN000228 4468 CFSAN000661 4461 CFSAN000669 4482 CFSAN000700 4475 CFSAN000752 4569 CFSAN000753 4479 CFSAN000951 4477 CFSAN000952 4476 CFSAN000954 4472 CFSAN000958 4471 CFSAN000960 4476 CFSAN000961 4476 CFSAN000963 4463 CFSAN000968 4556 CFSAN000970 4466 CFSAN001112 4472 CFSAN001115 4467 CFSAN001118 4437 CFSAN001140 4457 23 taxa, 4776 clusters (core + accessory)

Ortholog class Definition Count
Core genes (99% <= strains <= 100%) 4277
Soft core genes (95% <= strains < 99%) 50
Shell genes (15% <= strains < 95%) 163
Cloud genes (0% <= strains < 15%) 286
Total genes (0% <= strains <= 100%) 4776
Download: ⬇pan.csv

CFSAN0009520.068305302CFSAN0009610.0061637800.2620.006177599CFSAN0006690.037571296CFSAN0001910.069473239CFSAN0002110.006386759CFSAN0002120.0818531950.5610.0243608370.7080.019157199CFSAN0002280.0112156991.0002.094401846CFSAN0007530.0235726250.0140.0000000050.3510.014470114CFSAN0001890.028850331CFSAN0009510.071039937CFSAN0009600.0303276280.7810.0276203600.8340.0279605350.8700.0223806680.8570.013432099CFSAN0011120.068954783CFSAN0007000.073419651CFSAN0009540.0810882510.8510.041710138CFSAN0011150.0440551400.5640.012163679CFSAN0006610.110550872CFSAN0011180.190125900CFSAN0011400.0646053300.8920.0430441400.3040.0136771430.9260.0386467390.8680.020023417CFSAN0009580.033536900CFSAN0009680.104299478CFSAN0009700.131818493CFSAN0007520.058002648CFSAN0009630.0712017570.3240.0359638270.1500.0161472350.9310.0384901980.7640.007756103

Software versions ▲

Tool Version
Abricate 0.8.7
BWA MEM 0.7.17-r1188
FastTree 2.1.10 Double precision (No SSE3), OpenMP (72 threads):
FreeBayes 1.2.0-dirty
IQtree 1.6.5 for Linux 64-bit built May 11 2018
Kraken 1.0
MLST 2.15.1
MegaHit 1.1.3
Newick-Utils 1.6
Nullarbor 2.0.20180909
Prokka 1.13.3
Roary 3.12.0
SAMtools 1.9
SKESA 2.2
SPAdes 3.12.0
Shovill 1.0.1
Snippy 4.1.1
Trimmomatic 0.38
centrifuge 1.0.3-beta
seqret 6.6.0.0
seqtk 1.3-r106
snp-dists 0.6
Download: ⬇tools.csv

Databases ▲

Database Name Date
Kraken /home/linuxbrew/db/kraken/minikraken_20171019_8GB 2017-10-20
mlst /home/tseemann/git/mlst/db/blast/mlst.fa 2018-09-10
Download: ⬇databases.csv

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